Les principaux défis associés à l'analyse de l'haleine sont liés aux faibles concentrations de nombreux composés d'intérêt et à la complexité de l'air expiré.
En outre, les profils de l'haleine varient considérablement d'un individu à l'autre et sont influencés par de nombreux facteurs, notamment le régime alimentaire, l'âge, le sexe, les médicaments et l'activité physique.
Cette variation naturelle au sein de la population saine rend plus difficile l'identification de biomarqueurs robustes, c'est-à-dire de composés ou de groupes de composés qui peuvent être utilisés de manière fiable pour distinguer les individus sains de ceux qui sont atteints d'une maladie ou d’un problème de santé donné.
D'autres facteurs compliquent l'analyse de l'haleine : le nombre considérable d'échantillons nécessaires à la réalisation d'une étude, leur humidité inhérente élevée et la nécessité fréquente de stocker les échantillons sur une longue période avant de pouvoir analyser l'ensemble d'un lot.
La capture des composés volatils expirés directement sur des tubes absorbants permet une analyse par désorption thermique et évite les étapes complexes et laborieuses de préparation des échantillons.
La dernière génération de thermodésorbeurs de la série xr de Markes intègre des technologies TD avancées pour relever ces défis, faisant de la technique analytique TD-GC/MS la "référence" pour l'analyse de l'haleine.